در مدت امامت آن جناب حكومت بدست وليد بن يزيد و سليمان و عمر ابن عبد العزيز و يزيد بن عبد الملك و برادرش هشام و وليد بن يزيد و برادرش ابراهيم بود در اول حكومت ابراهيم شهادت يافت ابو جعفر بن بابويه گفته كه آن جناب را ابراهيم بن وليد بن يزيد مسموم كرد و در بقيع مدفون شد . در مصباح كفعمى مينويسد هشام بن عبد الملك آن جناب را مسموم نمود در تاريخ غفارى و همچنين سيد بن طاوس در زيارت كبيره مينويسد كه ابراهيم بن وليد ايشان را مسموم كرد . در كشف الغمه مينويسد سه سال قبل از شهادت جدش امام حسين عليه السلام در سوم ماه صفر سال پنجاه و هفت هجرى متولد شد و در سال صد و هفده از دنيا رفت نزديك شصت سال داشت كه سى و چند سال با پدر خود زين العابدين عليه السلام زندگى كرد و در بقيع در همان جا كه پدر و عموى پدرش امام حسن دفن شده بود در قبه معروف بقبه عباس دفن شد . در كافى ص 182 ج 8 مينويسد زراره از حضرت باقر نقل كرد كه فرمود در خواب ديدم گويا بر قله كوهى بودم كه مردم از چهار طرف بالا مىآمدند تا پر از جمعيت شد اين جمعيت را به آسمان بردند و از هر طرف به زمين ميانداختند جز چند نفرى . اين كار تا پنج مرتبه تكرار شد در هر مرتبه همه مىافتادند همان چند نفر باقى ميماندند . قيس بن عبد الله بن عجلان ( در روايت رجال كشى ميسر بن عبد العزيز و عبد الله بن عجلان ) جزء اين چند نفر باقيمانده بودند . پس از اين جريان حضرت باقر عليه السلام بيش از پنج سال زندگى نكرد . كافى - ابو بصير گفت از حضرت صادق شنيدم كه فرمود مردى بفاصله چند ميل از مدينه زندگى ميكرد در خواب ديد كه به او گفتند برو نماز بخوان بر بدن حضرت باقر . ملائكه او را در بقيع غسل ميدهند . آن مرد بمدينه آمد ديد حضرت باقر از دنيا رفته .